1. No terminal, abra o ícone do app (exemplo spotify.desktop) com um editor de texto:
sudo scratch-text-editor /usr/share/applications/spotify.desktopou
scratch-text-editor ~/.local/share/applications/spotify.desktop
2. Edite ou adicione o seguinte:
NoDisplay=true
3. Salve e veja no Slingshot que não aparece mais o ícone do Spotify.